，部分秘密部门已经收到李牧下达的密令，所有储存的绫波丽备用的克隆体，全部都在最短的时间内销毁，没有了替换的身体，绫波丽从此就只有一个。
今天绫波丽没来训练，因为昨天的伤势她可以去上学。
不过上学对她来说没有任何意义，因为她没有任何朋友也不跟任何人接触。
到了晚上，李牧再次出现在绫波丽的家里。
通过变形咒，陈旧的屋子立刻变的温馨好看，绫波丽虽然没说什么，但是心里却有一点点喜悦，以至于她有点失眠了，到了后半夜才缓缓睡去。
看到绫波丽睡着，李牧才跟着睡着。
如果绫波丽每天的生活除了冰冷的孤独就是残酷的训练，当她只能在自己这里得到放松拥抱温暖，很快他在她心里的地位就会超过对她来说类似于父亲的碇源堂。
等到那个时候，绫波丽就会义无反顾的站在他这边。
第二天不用去学校，今天有新的训练任务。
绫波丽很早就前往基地准备新的训练，李牧也再次来到碇源堂的办公室。
NERV战术作战部葛城美里，NERV技术开发部赤木律子，NERV副司令冬月幸增，全部都在李牧的召集下来到他的办公室，这让他们都意识到今天有大事发生。
“我收到消息……”
李牧说着顿了一下，“M国海蛇基地研发出了新的EVA机体，而且可靠性甚至超过我们开发的EVA，我准备出动零号机突袭海蛇基地带回海蛇基地研发的EVA机体，正好也在使徒来袭以前进行一次实战。”
“这不可能。”
赤木律子愤怒地说道。
碇源堂的这一席话，让她感觉自己的专业受到了侮辱。
“我也不相信，所以夺回机体给我看。”
李牧严肃的说道。
赤木律子怒气腾腾的离开，留下葛城里美制定作战计划。
因为海蛇基地位于海底，所以零号机会搭乘特制的潜艇接近目标，然后释放零号机水下作战摧毁海蛇基地，类似这种水下基地虽然难以发现，但是一旦被发现破坏起来太容易了。
随便开几个洞，海底基地就会变成海底坟墓。
因为潜艇的速度很慢，纵然紧急改造加快航速，作战计划至少也持续几天，经过大半天的准备后，绫波丽和零号机终于一起登上特制潜艇前往海蛇基地。
数天后，零号机逼近海蛇基地。
跟葛城里美的作战计划一样，通过内鬼送出的海蛇基地建筑图，绫波丽驾驶零号机使用高振动粒子刀，轻而易举的给海蛇基地开了几个洞，海水倒灌直接让海蛇基地变成坟墓。
最后零号机炸开机库，从海蛇基地将李牧提前放置的自由高达成功捕获。
自由高达送到NERV总部，赤木律子立刻前往查看，她要证明自己的技术专业无人可比，不是随便什么人制造一个徒
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